山上的战士分批下山联络，或杳无音讯，或被敌人截击牺牲。在敌人的监狱里，被捕的女子军干部战士受尽酷刑。敌人的包围圈越来越小，加上饥饿疾病，坚持8个月后，冯白驹决定集体下山，冲出包围。山下隐蔽斗争的黎民、刘秋菊从敌人的布告中判断出冯白驹等还在坚持斗争，主动出击接应。1933年4月，冯白驹带领幸存的25名干部战士成功突围，回到琼山老区。冯白驹坚信，只要和群众站在一起，就有革命的力量。
冯白驹令刘秋菊、林茂松到文南区恢复党组织。在吴克之的协助下，刘秋菊、林茂松有了一个消灭叛徒的机会，但林茂松只打中了王德彪的肩膀，除奸未能成功。1937年6月，陈玉清在香港找到了中央南方临时工委，冯白驹立即赶往香港向上级汇报工作。云广英传达了毛泽东在瓦窑堡会议上的指示：建立广泛的抗日民族统一战线。回到琼崖后，冯白驹主动给琼崖国民党当局写信，派黎民去与当局谈判。
由于国民党当局毫无诚意，谈判陷入僵局。冯白驹亲自前去谈判，被特务大队秘密逮捕。南方工委派李明任特委书记，特委一面营救，一面争取社会各界支持，同时请求上级帮助。府城各界人士呼吁无条件释放冯白驹，实业家邢二爷也在请愿书上签字。黎民找152师师长陈章当面要求放人。
由于舆论压力，国民党当局不敢杀害冯白驹，只好上报。上级虽批复同意枪决，但又要上报南京政府。特委密切关注敌人动向，积极准备营救。特务大队害怕共军劫狱，故意制造事端，谎称马上枪决，秘密将冯白驹转移。吴克之上当，闯入牢房营救，被特务包围，暴露了身份。
周恩来对冯白驹被捕十分重视，亲自找蒋介石交涉。1937年12月，蒋介石下令释放冯白驹。冯白驹同国民党当局重开谈判，围绕红军改编，国民党当局坚持把红军编入国民党军。冯白驹坚持我党独立自主的原则，双方相持不下，谈判旷日持久。1938年9月底，日军轰炸海口，琼崖国民党正规军调离，守备司令王毅深知力量薄弱，同意了琼崖特委提出的原则要求。10月，琼崖国共合作抗日协议达成。
冯白驹抓紧扩编武装队伍，号召青年踊跃参军，琼崖红军正式改编为广东民众抗日自卫团第14区独立队，冯白驹任队长。1939年2月，日军在海口登陆，冯白驹命令独立队在潭口设防阻击日军。日军气势汹汹，并以飞机轮番轰炸，独立队官兵英勇顽强，有效阻击了东进之敌，为群众向云龙撤退赢得了时间。潭口伏击战拉开了琼岛人民奋起抗战的序幕，鼓舞了人民的抗日热情，扩大了我党的政治影响。
冯白驹领导独立队展开游击战。一个月内，独立队与日军作战十余次，一度占领文昌县城公园。冯白驹经与王毅协商，成立琼崖战时党政处，团结民主人士，做了大量宣传动员群众的工作。独立队改编为独立总队，发展到一千多人。6月，反共顽固派吴道南到琼崖任行署专员、保安司令，国共合作局面逆转。9月，香港“八办”为琼崖特委购置了电台，开通了特委与党中央的电讯联系。独立总队集中优势兵力在罗板铺伏击日军，大获全胜。
符克率领华侨服务团回琼参加抗战，邢小玉随服务团回到琼崖。冯白驹令独立总队配合服务团的工作，保护他们的安全。吴道南消极抗日，积极反共，下令撤销党政处和各级劳动委员会。面对严峻形势，冯白驹决定夺取那大日军据点，向山区发展。
儋县游击队、广大群众积极参战，独立总队切断那大日军与外界的联系。11月，日军弃城突围，我军攻克那大，追歼逃敌，击毙日军川岛少佐及日伪兵数人，俘虏伪军中队长以下80余人。12月，李明去往延安，冯白驹代理特委书记。邢斌受吴道南指使，假意慰问服务团，把服务团成员集体关押了一个多月。
